Contrôle CIR/CII : Que faire en cas de redressement ?

Pour les entreprises innovantes, l’été n’apporte pas que le soleil et les vacances… Il apporte aussi les demandes de l’administration fiscale au sujet des crédits d’impôt ! Mais pourquoi cette période particulière ? Et surtout, comment réagir efficacement ?

Pourquoi l’été est la saison des contrôles CIR/CII ?

La réponse est simple : la plupart des entreprises déclarent leur CIR/CII entre mars et mai. Cette période de déclaration est immédiatement suivie par une phase de contrôle qui s’étale principalement entre juin et septembre.

Le contexte actuel : Pendant la crise du Covid, l’État avait considérablement accéléré l’attribution du crédit impôt recherche et innovation, validant massivement les demandes sans contrôle préalable. Depuis quelques mois, nous assistons à un retour de manivelle avec une intensification des contrôles a posteriori.

Les chiffres parlent d’eux-mêmes : En 2022, l’administration a réalisé 321 400 contrôles fiscaux. Un chiffre impressionnant qui témoigne des efforts pour lutter contre les fraudes. Bien sûr, tous ces contrôles ne concernent pas uniquement le CIR/CII, mais ils incluent une part non négligeable de vérifications sur ces dispositifs.

Le processus de contrôle CIR/CII décrypté

L’objectif de cet article est de démystifier le processus de contrôle et de vous rassurer. Beaucoup d’entreprises se privent de ces aides par peur du contrôle, préférant passer à côté de dizaines de milliers d’euros plutôt que de voir leur comptabilité passée au crible.

Rappel important : Le CIR et le CII sont des dispositifs généreux représentant un budget annuel de 7 milliards d’euros. Il est donc normal qu’ils fassent l’objet d’une surveillance renforcée. Mais cette surveillance s’effectue par étapes, et à chaque fois, l’entreprise peut échanger, argumenter et contester.

Étape 1 : La demande d’informations (ou demande de pièces)

Lors de votre déclaration de CIR ou de CII, vous envoyez simplement un Cerfa indiquant le montant du crédit d’impôt avec votre liasse fiscale. À réception, le service des impôts des entreprises (SIE) peut :

• Valider directement le crédit d’impôt (de plus en plus rare)
• Demander des pièces complémentaires à l’entreprise

Les documents généralement demandés :

• Le dossier financier : pour comprendre les grandes étapes du calcul et vérifier le montant et la nature des dépenses valorisées
• Le dossier technique : pour vérifier l’éligibilité du projet au dispositif

Délai important : Ces pièces doivent être envoyées dans un délai d’un mois, d’où l’importance de les avoir préparées en amont.

Étape 2 : L’analyse des pièces

Un vérificateur du pôle expertise du SIE analyse les pièces fournies. Il peut faire appel à un expert du MESRI (Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation) pour l’aider à déterminer l’éligibilité technique du projet.

Bon à savoir : Le recours à un expert du MESRI n’est pas automatique. Le vérificateur peut tout à fait décider seul si vos travaux relèvent de la R&D ou de l’innovation.

L’issue la plus favorable : Lorsque les dossiers sont bien rédigés sur la forme comme sur le fond, le contrôle s’arrête souvent à cette étape. Si le vérificateur a encore des doutes, il vous posera des questions complémentaires auxquelles vous devrez répondre dans un délai de 30 jours.

Étape 3 : La proposition de rectification

Si vos réponses ne suffisent pas à convaincre l’administration, vous recevrez une proposition de rectification. Ce document vise à corriger une erreur d’imposition et présente les conclusions du contrôle.

Ce document vous informe sur :

• Les dépenses non retenues dans le calcul
• Les montants concernés
• Les motifs du redressement

Vous avez alors la possibilité de répondre point par point avec vos observations du contribuable dans un délai de 30 jours (prorogeable 30 jours supplémentaires).

Étape 4 : Le dialogue continu et les recours hiérarchiques

Après vos observations, le vérificateur doit y répondre. S’il maintient sa position, vous pouvez solliciter un comité consultatif mis en place par la loi de Finance de 2015 pour réduire les contentieux.

Si le désaccord persiste, vous pouvez engager des recours hiérarchiques :

• Contactez le chef de brigade (N+1 du vérificateur)
• Saisissez l’interlocuteur départemental des finances publiques (N+2)

Dans la grande majorité des cas, l’issue du recours hiérarchique est favorable aux entreprises. Mais si l’administration maintient sa position, vous recevrez un avis de mise en recouvrement.

Étape 5 : La procédure contentieuse

Si vous estimez être redressé à tort, vous devez adresser une réclamation à votre service des impôts. C’est l’étape obligatoire avant la voie judiciaire.

Si votre réclamation est rejetée, vous pouvez saisir le tribunal administratif face à des juges indépendants. Pour un désaccord d’ordre technique, le tribunal mandate généralement un nouvel expert du MESRI.

Les recours peuvent se poursuivre jusqu’à la Cour administrative d’appel puis au Conseil d’État, même si dans les faits, il est très rare d’en arriver jusque-là.

Nos recommandations pour éviter le redressement

La meilleure défense reste l’attaque… ou plutôt la prévention ! Voici nos conseils pour préparer un dossier solide :

1. Ne faites pas d’erreurs de calcul

Assurez-vous de ne retenir que les dépenses valorisables et de calculer correctement les montants éligibles.

2. Présentez un dossier technique robuste

C’est l’étape la plus cruciale. Votre dossier technique doit :

• Mettre clairement en évidence l’éligibilité au dispositif
• Démontrer le caractère scientifique et technique des travaux
• Expliquer la démarche méthodologique suivie
• Justifier du caractère innovant des projets

3. Soyez accompagné dès le début

Être bien accompagné dès la déclaration permet d’éviter les erreurs et de construire un dossier solide qui résistera à l’analyse du vérificateur.

Conclusion

Comme nous l’avons vu, les recours à la disposition des entreprises sont nombreux. Dans bien des cas, il n’est pas nécessaire d’aller plus loin que la première demande de pièces justificatives.

Rassurez-vous : Il est rare de voir un contrôle fiscal sur le CIR/CII se transformer en contrôle sur la comptabilité générale. La peur du contrôle ne doit pas être un frein à votre déclaration de crédit d’impôt.

Le dispositif est généreux mais encadré, ce qui est normal pour éviter les abus. Et comme vous l’avez compris, le redressement n’est pas une fin en soi. Vous pouvez toujours contester et faire valoir vos arguments.

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